اين احتمال وجود دارد كه دادگاه عمومي، انقلاب و نظامي در رسيدگي به دعوا يا امري كه در آن مطرح گرديده، با اعتقاد به صلاحيت مراجع غير دادگستري از خود نفي صلاحيت نمايند. در اين صورت به موجب مادة 28 ق. آ.د.مدني و رأي وحدت رويه 660 از ارسال پرونده به مرجعي كه صالح تشخيص داده‌اند ممنوع بوده و مي‌بايست آن را براي تعيين مرجع صالح، به ديوان عالي كشور ارسال نمايند. بنابراين چنانچه هر يك از سه دادگاه مزبور، براي مثال به صلاحيت ادارة ثبت كه از مراجع قضايي غير دادگستري است از خود نفي صلاحيت نمايند، مي‌بايست پرونده را، جهت تعيين مرجع صالح به ديوان عالي كشور بفرستند.

نكته: فرستادن پرونده به ديوان عالي كشور، براي تعيين مرجع صالح، در موردي كه دادگاههاي مزبور و مراجع غير دادگستري هم زمان به امر واحدي رسيدگي مي‌نمايند نيز الزامي است.

نكته: منظور از مراجع غیر قضایی در مادة 28 ق.آ.د. مدني مراجع قضایی غیر دادگستری است و موردی را که دادگاه‏های عمومی، انقلاب، نظامی و یا مراجع قضایی غیر دادگستری به صلاحیت مراجع اختصاصی و بدوی اداری از خود نفی صلاحیت می‏کنند را شامل نمی‏شود و خواهان در این مورد باید مجدداً دعوا را در مرجع صالح مطرح نماید.  

نكته: در موردی که دادگاه‏ها اعم از عمومی، نظامی و انقلا ب به صلاحیت مراجع غیر قضايی (قضايي غير دادگستري) از خود نفی صلاحیت نمایند اختلاف به معنای اخص به وجود نمی‏آید و پرونده برای تشخیص صلاحیت به دیوان عالی کشور ارسال می‏شود.