اختلاف در صلاحیت نفيي یعنی این که دادگاه رسیدگی کننده به دعوی خود را صالح به رسیدگی ندانسته و با صدور قرار عدم صلاحیت پرونده را به دادگاه دیگری ارسال می‏کند. اگر دادگاه مرسل علیه بر این اعتقاد باشد که دادگاه صالح، دادگاه صادر کننده قرار بوده باید پرونده را جهت تعیین تکلیف به مرجع حل اختلاف ارسال دارد. يعني اختلاف محقق شده است.

مثال: دادگاه شعبه 10 عمومی حقوقی تهران قرار عدم صلاحیت به شایستگی دادگاه‏های عمومی حقوق کرج صادر می‏کند. پرونده به شعبه 20 عمومی حقوقی کرج ارجاع می‏شود. این شعبه معتقد است صلاحیت نداشته و دادگاه صالح دادگاه‏های عمومی حقوقی تهران می‏باشد. در این صورت شعبه 20 باید پرونده را با صدور قرار عدم صلاحیت جهت تعیین تکلیف به مرجع حل اختلاف ارسال دارد.

نکته: باید توجه داشت اختلاف در صلاحیت آنست که دو دادگاه به شایستگی یکدیگر خود را صالح به دعوی ندانند یا هر دو دادگاه در رسیدگی به دعوی خود را صالح بدانند.

نکته: در مثال فوق اگر شعبه 20 کرج به شایستی دادگاه عمومی حقوقی ورامین از خود سلب صلاحیت کند هنوز اختلاف در صلاحیت رخ نداده است.